在电商运营过程中，很多商家会遇到这样的问题：如果一家公司旗下拥有多个店铺，那么在向淘宝平台开具发票时，是应该将所有店铺合并开发票，还是分别单独开具呢？这个问题看似简单，但实际操作中却涉及税务合规、财务管理和平台规则等多个方面。

首先，我们需要明确的是，淘宝作为一个电商平台，其对发票的管理有明确的规定。一般来说，淘宝要求每个订单的发票信息必须与下单的店铺一致。也就是说，如果你在A店铺下单，发票应该由A店铺开具；同理，B店铺的订单也应由B店铺来开票。这主要是为了保证交易的真实性和可追溯性，避免出现虚开发票或混淆账目等问题。

然而，对于一些大型企业或个体工商户来说，他们可能在不同店铺中销售相同或类似的产品，甚至使用同一套供应链和财务系统。在这种情况下，很多商家就会考虑是否可以将多个店铺的订单合并开具一张发票，以简化财务流程、减少开票成本。

从税务角度来看，这种做法并不符合规范。根据国家税务总局的相关规定，每笔交易都应当独立开具发票，确保每一笔收入都能清晰对应到具体的经营主体上。如果将多个店铺的订单合并开发票，可能会被认定为“混用发票”或“虚假开票”，从而面临税务稽查的风险。

此外，从财务管理和内部审计的角度来看，分开开票也有助于企业更清晰地掌握各店铺的经营状况。例如，某家公司在天猫、京东、拼多多等多个平台上都有店铺，如果统一开票，就很难准确核算各个平台的利润和成本。而分开开票则能更直观地反映出每个店铺的财务表现，便于后期分析和决策。

不过，也有一些特殊情况可以例外处理。例如，如果多个店铺属于同一法人，并且在同一个财务系统下统一管理，部分地区的税务局可能会允许企业在一定范围内进行合并开票，但前提是必须提供完整的业务说明和证明材料，确保交易的真实性。

总的来说，虽然“一家公司多个店铺，是一起开发票给淘宝还是分开开？”这个问题没有绝对的答案，但从合规性和实际操作的角度出发，建议商家尽量按照平台和税务的要求，为每个店铺单独开具发票。这样不仅能够规避潜在的法律风险，也能为企业未来的财务管理和税务申报打下良好的基础。

当然，具体操作还需结合自身企业的实际情况以及当地税务局的政策来执行。如有疑问，建议咨询专业的财税顾问或联系淘宝官方客服获取更详细的指导。